フローリング自体を取り替えるのとクッションフロアを敷き詰めるのでは、どのような違いがありますか？

コスト面が全然違います。
賃貸マンションなどでは入れ替え時にフローリングの上にクッションフロアを貼る事が多いかと思います。 フローリングは剥がしてから貼るので結構な工事になります。